日吉神社の杜（もり）は秋田市西部随一の大きな広葉樹の社である。
約9000坪（25,000平米）の境内の中にケヤキの大木は50本に及ぶ。中小木を含めると200本は下らない。
そのほか、杉や松、樅などの針葉樹の大木の他、イタヤカエデ、ニセアカシアや椿、モミジなどの中高木、ツツジ、アジサイ等の花木、低木も多い。